务府决定修缮。议工期间，值八国联军入侵，事遂停顿，一拖十年。1909年（宣统元年），有一个库房塌了一个角，其他库房也很危险，必须马上修缮，库内几百万件档案被搬了出来。一部分年代近一点的档案移至文华殿，另一部分被认为年代久远，没什么大用处的，准备焚毁。

这事被著名考古学家罗振玉知道了，罗当时为清朝学部参事。一天，他赴内阁办事，见库垣中档案文籍如山。顺手取来一束，打开一看，是关于督漕的奏摺，又打开一份，是一份征金川的奏摺，都是颇有价值的。他赶紧请张之洞奏准罢毁。张当时是大学士、军机大臣，兼管学部，他就委派罗振玉处理这批档案。罗将其中一部分主要是历科殿试卷收藏于学部后楼，其他档案装成了八千麻袋，移到清王朝所称太学的国子监敬一亭里。

辛亥革命爆发后。北洋军阀政府在1912年打算建立历史博物馆，就在国子监成立了筹备处，内阁档案是它的基本藏品。后来，博物馆筹备处迁到故宫午门楼，档案也随之移至午门外朝房里，并有一部分堆在端门的门洞里。

这些麻袋仿佛常常减少，工役们不是国学家，所以他们将里面的宝贝倒在地上，单拿麻