据《侯氏宗谱》记载，负责为沈阳故宫烧制琉璃瓦的侯振举家族是“于天命九年间迁至沈阳，复创作宫殿龙楼凤阙以及三陵各工等用”。有专家据此推断，沈阳故宫应该是在天命九年，也就是1624年开始建造的。
2003年1月15日，沈阳晚报发表了一篇题为《沈阳故宫到底建在哪一年？》的文章，经沈阳故宫博物院院长、清前史专家支运亭研究员多年研究，认定沈阳故宫的始建年代应为1624年（天命九年）。
但佟主任却不赞同这一说法，他认为，《侯氏宗谱》中所说的“天命九年”指的是侯振举一家迁居沈阳的时间，而不是说侯振举搬到沈阳后就立即开始建造故宫。佟悦认为，沈阳故宫应该是从1625年开始建造的，理由有二：首先，1624年，东京城还没有建好，许多贝勒、大臣都还在忙着建自己的住所，努尔哈赤在没有下达迁都命令之前，不可能在沈阳建造故宫；其次，努尔哈赤居住在位于城北的罕王宫，而不是故宫里。如果沈阳故宫1624年就开始修建的话，那么努尔哈赤为什么不住在故宫里反而要在故宫城旁居住？
谜团之三，谁才是沈阳故宫的“总工程师”？
沈阳故宫大政殿
这些清代宫殿建筑到底是谁设计的？又是由谁建造的？这一次，同样是《侯氏宗谱》掀开了冰山一角。
宗谱中记录了这么一段文字：“大清高皇帝兴师吊伐以得辽阳，即建都东京，于天命七年修造八角金殿，需用琉璃龙砖彩瓦，即命余曾祖振举公董督其事，特授夫千总之职。后于天命九年间迁至沈阳，复创作宫殿龙楼凤阙以及三陵各工等用。又赐予壮丁六百余名以应运夫差役驱使之用也。余曾祖公竭力报效，大工于是乎兴。
选择一十七名匠役，皆竭力报效。……”
佟悦认为，这段文字说明，侯振举这个人与沈阳皇宫的营造关系很大。从以上文字可以判断，侯振举应该是建造故宫的负责人之一，但是考虑到沈阳故宫中有许多建筑是满蒙风格，侯振举作为一个汉人，不可能设计出来，所以除了侯振举之外，应该还有其他的设计者和建造者。
对此，也有人提出了不同意见。有专家认为，侯振举只是“烧制琉璃瓦的管窖人”，而不是沈阳故宫的“工程师”，因为侯振举是从海城迁至沈阳的，根据《海城县志》载：“城东南三十五里，在岩山山麓有黄瓦窖，制黄琉璃瓦。清时工部派五品官监制黄瓦。以备陵寝宫殿之用。”其卷2《民