后来，雍正曾亲自写作《大义觉迷录》来为自己辩白，同时为了表明自己的“深仁厚泽”，他没有杀掉曾静、张熙，而是令两人到各地去宣讲《大义觉迷录》。但是对于吕留良一家就没有那么幸运了。雍正亲自下旨说“:“自古帝王之有天下，莫不由怀保万民，恩加四海，膺上天之眷命，协亿兆之欢心，用能统一寰区，垂寐奕世。盖生民之道，恨有德者可为天下君。……夫我朝既仰承天命，为中外全民之主，则所以蒙抚绥爱育者，何得以阵夷而有殊视？……乃逆贼吕留良好乱乐祸，私为著述，妄谓德佑以后，天地大变，查古未经，于今复见。而逆徒严洪逵等，转相附和，备极猖狂……朝议吕留良吕葆中俱戮尸某示，严洪逵沈在宽皆斩决，族人俱诛殛，孙辈发往宁古塔给披甲人为奴。仰天下亿万臣民，凛垂为戒。”结果已死的吕留良被开馆戮尸，枭首示众；吕留良之子吕葆中被斩立决；吕留良的其他家人都被流放到宁古塔给披甲人为奴。其他刊印、收藏吕留良著作的相关人等也都分别被判以斩监侯、流放、杖责……等刑。吕留良案牵涉及广，但也留下了活口。

　　传说吕留良一族惨遭族诛之后，吕的女儿四娘被吕家的一个贴身童仆救出，逃到了深山老林之中。