军机处的办事效率很高。根据内阁制度，下属官员有事题奏，或皇帝颁发诏旨，都是经过层层机构，辗转交送，常常要花费很多时间。军机处则不然，一切均由大臣和章京通同办理，皇帝有谕，随时奉诏承办，而且必须当日事当日毕。在通常情况下，军机大臣每日早5点左右进宫应召觐见皇帝，有时一天召见数次，主要是承受谕旨，然后回堂拟写。起先由大臣亲自主稿，后来才改由章京起草，大臣拟定。经皇帝认可后，按照谕旨的性质分“明发上谕”和“廷寄上谕”两种形式向下传达。明发上谕指交内阁发抄，宣示天下。廷寄上谕因奏请而降旨，事属机密，由军机大臣直接密寄具奏人。廷寄需封入信函，交兵部加封，发驿驰递，根据事情的缓急，或马上飞递，即日行300里，或400里，或500里，或600里加急，一律由军机章京在封函上注明。封口及年月日处，加盖“办理军机处”银印。如遇特别机密紧要的密谕件，则由军机大臣自行缮写封固，上写“军机大臣密寄”。这一套廷寄制度，减少了很多中间环节，大大加快了办事速度。